Το σενάριο της CIA
Η ισχυρή Κεντρική Υπηρεσία Πληροφοριών των ΗΠΑ εμφανίζεται σχεδόν σε όλες τις θεωρίες συνωμοσίας. Οι συνομωσιολόγοι θεωρούν ότι η CIA ήθελε να εκδικηθεί τον Κένεντι ,είτε για την αποτυχημένη εισβολή στον Κόλπο των Χοίρων στην Κούβα είτε επειδή φοβόταν μήπως αποδυναμωθεί προς όφελος του Πενταγώνου. Πάντως, το 1995 αξιωματικός της Υπηρεσίας Εθνικής Ασφάλειας των ΗΠΑ δημοσιοποίησε στοιχεία σύμφωνα με τα οποία η CIA σε συνεργασία με το FBI απέκρυψαν εσκεμμένα από την αστυνομία του Ντάλας πληροφορίες στις οποίες ο Όσβαλντ παρουσιαζόταν ως πιθανός κίνδυνος.
Το σενάριο της Κούβας
Η αποτυχημένη εισβολή στον Κόλπο των Χοίρων αποτέλεσε αφορμή για δύο ακόμα θεωρίες. Σύμφωνα με τη μία, οι υποψίες στρέφονται στον Φιντέλ Κάστρο ο οποίος ήθελε εκδίκηση και η άλλη αφορά σε εξόριστους πολέμιους του Προέδρου της Κούβας, οι οποίοι ήταν οργισμένοι με τον Κένεντι επειδή επέτρεψε την αποτυχία της εισβολής. Η θεωρία αυτή εξετάστηκε σε βάθος από την Επιτροπή για τις Δολοφονίες, καμία μαρτυρία όμως δε βασιζόταν σε επαρκή στοιχεία για να επιβεβαιωθεί. Πολλοί μάλιστα κατέληξαν σε αυτή τη θεωρία εξαιτίας της προσπάθειας του Όσβαλντ να πάρει βίζα για την Κούβα λίγο καιρό πριν το περιστατικό.
Το σενάριο της KGB
Οι κομουνιστικές πεποιθήσεις και η συμπάθεια που είχε ο Όσβαλντ για την Κούβα, αλλά και τη Σοβιετική Ένωση , ώθησαν τους συνομωσιολόγους να αναπτύξουν μία ακόμα θεωρία σύμφωνα με την οποία η KGB στρατολόγησε τον βασικό ύποπτο για να δολοφονήσει τον δημοφιλή Πρόεδρο. Τα χρόνια που πέρασε ο Όσβαλντ στη Σοβιετική Ένωση, το γεγονός ότι ήταν παντρεμένος με Ρωσίδα και οι σχέσεις που διατηρούσε με Σοβιετικούς διπλωμάτες έκαναν το συγκεκριμένο σενάριο αρκετά δημοφιλές.
Το σενάριο του Λίντον Τζόνσον
Κάποιοι μένουν εντός των αμερικανικών συνόρων και υποστηρίζουν ότι εμπνευστής του σχεδίου δολοφονίας του Τζον Κένεντι ήταν ένα από τα πιο κοντινά του πρόσωπα. Σύμφωνα με αυτή τη θεωρία, ο Αντιπρόεδρος Λίντον Τζόνσον ήθελε να ανατρέψει τον Πρόεδρο και να πάρει αυτός την εξουσία. Αναφέρεται μάλιστα ότι ο Αντιπρόεδρος βρήκε συμμάχους επιχειρηματίες και μεγιστάνες της βιομηχανίας που πίστευαν ότι θα εξυπηρετούσε καλύτερα τα συμφέροντά τους. Τα οικονομικά συμφέροντα βρίσκουν βάση και σε μία άλλη θεωρία σύμφωνα με την οποία μία μυστική οργάνωση τραπεζιτών φοβόταν ότι ο Κένεντι θα δώσει στον υπουργό Οικονομικών τη δυνατότητα μέσω ενός διατάγματος που υπέγραψε να ελέγχει την Ομοσπονδιακή Τράπεζα Αποθεμάτων (FED) κι έτσι προχώρησαν στη δολοφονία του για να μην πληγούν τα συμφέροντά τους.
Τα UFO δεν μπορουν να λείπουν
Φυσικά, και στην περίπτωση της δολοφονίας του Τζον Φ. Κένεντι υπάρχει μία θεωρία συνομωσίας που εμπλέκει UFO. Έτσι, σύμφωνα με αυτό το σενάριο, ο Πρόεδρος των ΗΠΑ δολοφονήθηκε εξαιτίας της περιέργειάς του για τα αγνώστου ταυτότητας ιπτάμενα αντικείμενα. Οι υποστηρικτές αυτής της συνομωσίας παραθέτουν κι ως απόδειξη μία επιστολή του Κένεντι προς τη CIA στην οποία επιθυμεί να του γνωστοποιηθεί φάκελος για τα UFO. Οι περίεργες θεωρίες μάλιστα συνεχίζονται και μία από αυτές αναφέρει ότι πίσω από τη δολοφονία βρισκόταν ένας ομοφυλόφιλος. Δημιουργός αυτής της θεωρίας ήταν ένας πρώην εισαγγελέας της Νέας Ορλεάνης, ο Τζιμ Γκάρισον, που φωτογράφησε ως εγκέφαλο της δολοφονίας έναν πιλότο, τον Ντέιβιντ Φέρι, ο οποίος έβλεπε στο πρόσωπο του JFK ό, τι δεν είχε αυτός. Την επιτυχία, τη δημοφιλία, τον πλούτο και την αρρενωπότητα.
Στα χρόνια που ακολούθησαν τον θάνατο του Κένεντι γράφτηκαν περισσότερα από 2000 βιβλία για τη δολοφονία του και κάποια από αυτά αναλύουν και δέχονται μία ή και περισσότερες από τις θεωρίες συνομωσίας. Στο διαδίκτυο έχουν δημιουργηθεί εκατοντάδες σελίδες, ενώ σχεδόν σε κάθε επέτειο του θανάτου του JFK τα μέσα ενημέρωσης αφιερώνουν χρόνο και χρήμα για να ελέγξουν αν ακόμα οι αμερικάνοι πολίτες αμφιβάλλουν για τα πορίσματα. Όσο τραβηγμένα κι αν φαίνονται όλα όσα έχουν σκαρφιστεί κατά καιρούς οι συνομωσιολόγοι, οι ύποπτες πράξεις, τα πειραγμένα στοιχεία και ορισμένες περίεργες συμπτώσεις θα κάνουν τους Αμερικανούς να δυσπιστούν και να αναρωτιούνται για χρόνια ακόμα ποιοι είναι οι δολοφόνοι του Τζον Φ. Κένεντι.