Μιλώντας στην Ποντιφική Ακαδημία Επιστημών στη Ρώμη, ο Πάπας Φραγκίσκος έβαλε τέλος στην χαλαρή υποστήριξη του προκατόχου του, Πάπα Βενέδικτου 16ου, προς τη θεωρία του έξυπνου σχεδιασμού. Σύμφωνα με αυτή, η ποικιλία των ειδών της ζωής στον πλανήτη μας δεν μπορεί να εξηγηθεί μόνο με βάση τη θεωρία της εξέλιξης, αλλά χρειάστηκε την καθοδήγηση ενός παντοδύναμου όντος ώστε να προκύψει. Η συγκεκριμένη θεωρία βρίσκει μεγάλη απήχηση κυρίως μεταξύ των Αμερικανών θρησκευόμενων χριστιανών, που συχνά απαιτούν να διδάσκεται παράλληλα με την θεωρία της εξέλιξης στα σχολεία. Ο Πάπας Φραγκίσκος δήλωσε πως οι θεωρίες της εξέλιξης και της Μεγάλης Εκρηξης (Big Bang) δεν είναι ασύμβατες με την ύπαρξη ενός δημιουργού Θεού, αντίθετα μάλιστα, τον απαιτούν. «Όταν διαβάζουμε την ιστορία της δημουργίας του κόσμου στη Γένεση, υπάρχει ο κίνδυνος να θεωρήσουμε τον Θεό σαν ένα μάγο με ένα ραβδί. Αλλά τα πράγματα δεν είναι έτσι. Δημιούργησε τα ανθρώπινα όντα και τα άφησε να αναπτυχθούν σύμφωνα με τον εσωτερικό νόμο με τα οποία τα προίκισε προκειμένου να κατορθώσουν την αυτοπραγμάτωσή τους.»