Ο Μέρκιουρι (που τότε λεγόταν ακόμη Φρέντι Μπουλσάρα) ήρθε μέσω του συμφοιτητή του Tim Staffell σε επαφή με το συγκρότημα Smile. Το τρίο αυτό είχε ιδρυθεί το 1968. Τα μέλη εκτός του Staffell (τραγουδιστής και μπασίστας) ήταν οι Μπράιαν Μέι (κιθάρα) και Ρότζερ Τέιλορ (ντραμς).
Το 1969 έγινε τραγουδιστής του συγκροτήματος Ibex από το Λίβερπουλ. Τον Οκτώβριο του ίδιου έτους το συγκρότημα πήρε το όνομα Wreckage. Στις συναυλίες έπαιζαν πολλές φορές το Jailhouse Rock, που αργότερα θα έπαιζαν συχνά και οι Queen. Το 1970 είχε μερικές εμφανίσεις ως τραγουδιστής των Sour Milk Sea.
Το διάστημα αυτό οι Smile διαλύθηκαν επειδή ο Tim Staffell τους εγκατέλειψε. Στη συνέχεια, τον Απρίλιο του 1970, ίδρυσαν οι Μπράιαν Μέι, Ρότζερ Τέιλορ και Φρέντι Μέρκιουρι δικό τους συγκρότημα, το οποίο ο Μέρκιουρι ονόμασε Queen. Επίσης σχεδίασε και το λογότυπο. Το 1971 προσχώρησε ως τελευταίο μέλος του συγκροτήματος ο μπασίστας Τζον Ντίκον.
To 1973 κυκλοφόρησε το πρώτο τους άλμπουμ με το όνομά τους αλλά δεν κάνει ιδιαίτερη αίσθηση. Την ίδια αλλά κάπως καλύτερη τύχη είχαν τα δύο επόμενα άλμπουμ Queen II και Sheer heart attack.
Το 1991 το συγκρότημα δημιούργησε το τελευταίο του άλμπουμ με τίτλο Innuendo. Το τελευταίο τραγούδι είναι το διαχρονικό The show must go on, του οποίου οι στίχοι φανερώνουν ότι ο Μέρκιουρι γνώριζε πως δεν θα ήταν για πολύ καιρό ακόμη στη ζωή. Τα video clips του Innuendo ήταν επεξεργασία παλιότερων video εκτός από τα These are the days of our lives και I’m going slightly mad τα οποία είναι ασπρόμαυρα και στα οποία ο Μέρκιουρι εμφανίζεται αποστεωμένος και αδύναμος.
Καθώς η κατάσταση του Φρέντι Μέρκιουρι χειροτέρευε, οι φήμες γινόταν ακόμη πιο έντονες. Στις 23 Νοεμβρίου του 1991 ο τραγουδιστής έκανε ανακοίνωση στον τύπο που είχε κατασκηνώσει έξω από το σπίτι του στο Κένσινγκτον στο Λονδίνο, ότι έπασχε από AIDS. Ένα εικοσιτετράωρο αργότερα πέθανε στο σπίτι του.
Όλο το διάστημα ήταν κοντά του οι γονείς του και η Mary Austin (πρώην σύντροφός του). Ωστόσο σε καθημερινή 24ωρη βάση μαζί του ήταν ο λεγόμενος inner circle που ζούσε μαζί του στο σπίτι του Garden Lodge. Δηλαδή ο σύντροφος του τα τελευταία 6 χρόνια Jim Hutton, ο Peter Freestone (προσωπικός του γραμματέας και στενός φίλος) και ο Joe Fanelli (πρώην σύντροφος που έγινε συνεργάτης του ως μάγειρας και γραμματέας).