Γεννήθηκε στο Βαλπαραΐσο το 1908 και αυτοκτόνησε στο Σαντιάγο το 1973. Καταγόταν από μεγαλοαστική οικογένεια και σπούδασε ιατρική στο Πανεπιστήμιο του Σαντιάγο, απ΄ όπου και έλαβε το δίπλωμά του το 1932. Ασχολήθηκε έντονα με την πολιτική αναπτύσσοντας μαρξιστική δράση. Ένα χρόνο μετά συνέβαλε στην ίδρυση του σοσιαλιστικού κόμματος της Χιλής. Το 1937 συμμετείχε στη κυβέρνηση του Πέδρο Αγκίρρε Σέντρα, στην οποία και ανέλαβε για τέσσερα χρόνια υπουργός Υγιεινής. Το 1945 εκλέχθηκε για πρώτη φορά μέλος της Γερουσίας.
Το 1952, όταν έβαλε υποψηφιότητα για την Προεδρία, επειδή είχε δεχθεί την υποστήριξη του παράνομου τότε κομουνιστικού κόμματος, διαγράφτηκε από το σοσιαλιστικό κόμμα με συνέπεια να καταταγεί τελευταίος των τεσσάρων υποψηφίων. Επανήλθε όμως στις εκλογές του 1958 με την υποστήριξη των σοσιαλιστών και των κομουνιστών, των οποίων το κόμμα τους είχε πλέον νομιμοποιηθεί. Παρά ταύτα κατατάχθηκε δεύτερος των υποψηφίων. Τελικά εκλέχθηκε πρόεδρος της Χιλής το 1970 με τη βοήθεια του κομμουνιστικού κόμματος και άλλων αριστερών δυνάμεων με μικρή διαφορά από τον δεύτερο υποψήφιο. Στην ομιλία του μετά την νίκη του ο Αλιέντε είπε: «Αξιώνουμε να δημιουργήσουμε έναν διαφορετικό κόσμο, να αποδείξουμε ότι μπορούν να γίνουν βαθιές αλλαγές που αποτελούν επανάσταση. Πρέπει να δημιουργήσουμε μια κυβέρνηση δημοκρατική, εθνική, επαναστατική και λαϊκή που θα οδηγήσει στον Σοσιαλισμό». Αμέσως μετά την ορκωμοσία του, στις 3 Νοεμβρίου του 1970, άρχισε να εφαρμόζει ένα ευρύτατο πρόγραμμα σοσιαλιστικών μεταρρυθμίσεων κρατικοποιώντας μεγάλες εκτάσεις γης, τον ορυκτό πλούτο της χώρας και τις τράπεζες.
Το πρόγραμμα του Αγιέντε περιλάμβανε αναβάθμιση των συμφερόντων των εργατών, εφαρμογή της αγροτικής μεταρρύθμισης, αναδιοργάνωση της εθνικής οικονομίας σε δημόσιο, μικτό και ιδιωτικό τομέα, εξωτερική πολιτική διεθνούς αλληλεγγύης και εθνικής ανεξαρτησίας, καθώς και νέα θεσμική οργάνωση του κράτους, ως λαϊκού πλέον κράτους, με την ίδρυση ενός ενιαίου σώματος αντιπροσώπων. Το πρόγραμμα της Λαϊκής Ένωσης πρότεινε επίσης την εθνικοποίηση των κύριων ορυχείων χαλκού της Χιλής, που άνηκαν σε ξένα συμφέροντα, κυρίως των ΗΠΑ. Ορισμένες χαρακτηριστικές μεταρρυθμίσεις κατά το πρώτο διάστημα της προεδρίας του Αλιέντε περιλάμβαναν την ανακατανομή εκατομμυρίων στρεμμάτων γης σε ακτήμονες ως μέρος της αγροτικής μεταρρύθμισης, αύξηση μισθών στις ένοπλες δυνάμεις και παροχή δωρεάν γάλατος στα παιδιά. Επίσης, ιδρύθηκαν ο Αναπτυξιακός Συνεταιρισμός Ιθαγενών Πληθυσμών και το Ινστιτούτο Εκπαίδευσης των Μαπούτσε για να καλύψουν τις ανάγκες των αυτοχθόνων κατοίκων της Χιλής.
Παράλληλα ο Αλιέντε εφάρμοσε νέα εξωτερική πολιτική, ξεκινώντας τη συνεργασία πρώτα με τη Κίνα και στη συνέχεια με την Κούβα. Η πολιτική του αυτή τον έφερε σε αντιπαράθεση με τα συμφέροντα των ΗΠΑ, με συνέπεια οι σχέσεις των δύο χωρών να ψυχραθούν. Ο τότε ένοικος του λευκού οίκου Νίξον είπε χαρακτηριστικά: “Τώρα με τον Κάστρο στην Κούβα και τον Αλιέντε στη Χιλή έχουμε στην Λατινική Αμερική ένα κόκκινο σάντουιτς και μοιραία όλη θα γίνει κόκκινη”. Δύο χρόνια αργότερα από την εκλογή του άρχισε να καλπάζει ο πληθωρισμός και να πλήττεται βεβαίως η μεσαία τάξη.
Επειδή ο Αλιέντε είχε στο πρόγραμμα του να κρατικοποιήσει τα μεταλλεία χαλκού, τα οποία ανήκαν σε Αμερικάνους ιδιώτες, έπρεπε να ανατραπεί. Έτσι, ο Νίξον ορκίζεται να ανατρέψει τον Αλιέντε. Το έργο αυτό το αναθέτει στην C.I.A. και οργανωτής του πραξικοπήματος επιλέγεται ο Χένρυ Κίσινγκερ. Οι μυστικές υπηρεσίες των Η.Π.Α. προσπαθούν να δωροδοκήσουν τον στρατό της Χιλής, αλλά ο αρχηγός των ενόπλων δυνάμεων Ρενέ Σνάιντερ ήταν πιστός στο σύνταγμα και η πρώτη απόπειρα πραξικοπήματος απέτυχε. Ο Σνάιντερ βρέθηκε δολοφονημένος λίγες μέρες μετά.
Έπειτα από αυτό ο Λευκός Οίκος διέταξε τον οικονομικό στραγγαλισμό της χώρας. Η δεύτερη απόπειρα δωροδοκίας στέφθηκε με επιτυχία. Οι φορτηγατζήδες που μετέφεραν τα τρόφιμα σταμάτησαν να κάνουν την δουλειά τους. Το κόστος αυτής της απεργίας ήταν 200 εκατομμύρια δολάρια για το κράτος της Χιλής, ενώ η C.I.A. είχε ξοδέψει τα διπλάσια. Παρ’ όλα τα δεινά που περνούσε η χώρα, η δημοτικότητα του Αλιέντε συνεχώς αυξανόταν. Κατόπιν αυτού οι Αμερικανοί οργάνωσαν το σχέδιο Ζ. Τον Ιούνιο του 1973 οργανώνεται ένα δεύτερο πραξικόπημα, που κατέστειλε η νόμιμη ηγεσία του στρατού και τον στρατηγό Πρατς. Μετά την καταστολή ο στρατηγός Πρατς συμβούλεψε τον Αλιέντε να δώσει όπλα στο λαό ανοίγοντας τα οπλοστάσια. Ο Αλιέντε όμως, όντας πιστός στις αξίες του, του απάντησε: “Όχι. Αυτή η επανάσταση θα γίνει χωρίς σταγόνα αίμα. Βασίζεται σε ειρηνικές αξίες και όχι στην βία”.
Μετά από αυτά τα γεγονότα ο Αλιέντε αποφασίζει να αλλάξει την ηγεσία του στρατού και στην θέση του Πρατς τοποθετεί τον Αουγούστο Πινοσέτ. Την Τρίτη, 11 Σεπτεμβρίου 1973, γίνεται συγχρονισμένη επίθεση από ξηρά και αέρα στο προεδρικό μέγαρο. Η δημοκρατία καταλύεται και στην εξουσία ανεβαίνει ο Πινοσέτ.
Ο Αγιέντε, αν και λεγόταν ότι δολοφονήθηκε κατά την είσοδο των στρατιωτών στο προεδρικό μέγαρο, η πραγματικότητα ήταν, όπως αποκαλύφθηκε αργότερα, ότι αυτοκτόνησε