Εκ μέρους της Βορειοδυτικής Εταιρείας ο Mackenzie ταξίδεψε στη λίμνη Athabasca που το 1788, ήταν ένας από τους ιδρυτές του Fort Chipewyan. Είχε σταλεί για να αντικαταστήσει τον Peter Pond, έναν συνεργάτη της Βορειοδυτικής Εταιρείας. Από τον Pond, έμαθε ότι οι άνθρωποι των πρώτων Εθνών κατανοούσαν ότι οι τοπικοί ποταμοί έρεαν προς τα βορειοδυτικά.
Με βάση αυτές τις πληροφορίες, ξεκίνησε με κανό, στον ποταμό γνωστό στους ντόπιους του Dene First Nations ως ο Dehcho (ποταμός Mackenzie) στις 10 Ιουλίου 1789, με την ελπίδα να βρει το Βορειοδυτικό πέρασμα στον Ειρηνικό Ωκεανό . Καθώς κατέληξε να φτάσει στον Αρκτικό Ωκεανό στις 14 Ιουλίου, υποτίθεται ότι ονόμασε τον ποταμό «Ποταμό Απογοήτευσης», καθώς δεν οδήγησε στην Cook Inlet της Αλάσκα όπως περίμενε. Ο ποταμός μετονομάστηκε αργότερα στον ποταμός Mackenzie προς τιμήν του.
Το 1791, ο Mackenzie επέστρεψε στη Μεγάλη Βρετανία για να μελετήσει τη νέα πρόοδο στη μέτρηση του γεωγραφικού μήκους. Μετά την επιστροφή του το 1792, ξεκίνησε για άλλη μια φορά να βρει μια διαδρομή προς τον Ειρηνικό, με συνοδεία δύο εγγενών οδηγών και έξι Καναδών ταξιδιωτών (Joseph Landry, Charles Ducette, Francois Beaulieux, Baptiste Bisson, Francois Courtois, Jacques Beauchamp) στις 10 Οκτωβρίου 1792 και ταξίδεψε μέσω του ποταμού πεύκου στον Ποταμό Ειρήνης. Από εκεί έφτασε σε μια διακλάδωση στον Ποταμό της Ειρήνης την 1η Νοεμβρίου όπου ο ίδιος και οι κοόρτες του έχτισαν ένα καταφύγιο και διέμεναν κατά τη διάρκεια του χειμώνα. Αυτό αργότερα έγινε γνωστό ως Fort Fork.