Το Ηρακλειο πήρε το όνομά του απο τον ημίθεο Ηρακλή και ήταν φημισμένο σε ολόκληρο τον αρχαίο κόσμο. Εκεί λέγεται ότι κατέφυγε ο Πάρης με την Ελένη για να ξεφύγει από τον οργισμένο Μενέλαο, πριν ξεσπάσει ο Τρωικός πόλεμος. Δημιουργούσε ένα σημαντικό ναυτικό διάδρομο ανάμεσα στην Ελλάδα και την Αίγυπτο και ήταν και γνωστό με το όνομα Θώνις.
Πριν μια δεκαετία δύτες άρχισαν να ανακαλύπτουν τους θησαυρούς της πόλης βοηθώντας τους αρχαιολόγους να δημιουργούν σταδιακά μια εικόνα για το πώς ήταν η ζωή στην πόλη την εποχή των Φαραώ. Υπεύθυνος για την ανακάλυψη της πόλης ο αρχαιολόγος Φρανκ Γκοντιό που βρίσκονταν στη περιοχή για μια τριετία.