Στα έργα του αποτυπώνει την κοινωνία της εποχής του σε ρωπογραφίες, ενώ η θεματογραφία του επικεντρώνεται σε λαϊκές σκηνές, όπως στα δύο πιο διάσημα έργα του «Οι μπεκρήδες» και «Φάντου», όπου παρουσιάζει ένα οικείο περιβάλλον της πορτογαλικής λαϊκής μουσικής, του φάντου, με τον φαντίστα να αιχμαλωτίζει τους θαμώνες της ταβέρνας με το μελαγχολικό και θλιμμένο τραγούδι του.

Ανάμεσα σε άλλα έργα της ίδιας νατουραλιστικής τεχνοτροπίας περιλαμβάνονται τα «Νεαροί μουσικοί»«Ένα ξύρισμα»«Σιέστα»«Ο ξυλοκόπος». Ένα από τα πιο χαρακτηριστικά έργα του είναι και «Το εργαστήρι του καλλιτέχνη», όπου απεικονίζει τον ζωγράφο στο εργαστήριό του με το γυμνό μοντέλο του.

Ο Μαλιόα, από καλλιτεχνική ιδεολογία, έμεινε πάντα πιστός στο νατουραλισμό των έργων του, αν και σε μερικούς από τους πίνακές του είναι εμφανείς κάποιες ιμπρεσιονιστικές επιρροές, όπως στο «Φθινόπωρο»«Κλάρα», «Praia das maçãs», «Vou ser mae» και σ’ ένα από τα τελευταία έργα του, το «Καλαμπόκι στον ήλιο».

Μερικά από τα έργα του είναι εμπνευσμένα από την ιστορία της χώρας του, όπως «Η τελευταία ανάκριση του Μαρκησίου Πομπάλ» ή «Η Βασίλισσα Dona Leonor».